La aparición de los primeros virus informáticos se remonta a 1986.

En este año, Basit y Amjad se percataron de que el sector boot de un disquete contenía código ejecutable, y que este código corría siempre que se reiniciaba el PC con un disquete en A:. También se dieron cuenta de que podía reemplazar código con su propio programa, pudiendo ser éste un programa en la memoria residente, y que podía instalar una copia de sí mismo en cada disquete, accesible desde cualquier dispositivo. Como el programa se copiaba a sí mismo, le dieron el nombre de 'virus', por su semejanza con los virus biológicos. Este proyecto de virus solamente infectó 360Kb de disquetes.

También en 1986, un programador llamado Ralf Burger vio que un archivo podía hacer una copia de sí mismo por el método simple de atacharla en otros archivos. Entonces desarrolló una demostración de este efecto, que llamó 'Virdem'. Lo distribuyó en la 'Chaos Computer Conference' de diciembre de ese año, en la cual el tema principal eran precisamente los virus. La demostración tuvo tanto éxito que Burger escribió un libro sobre el tema, en el que no se mencionaba aún a los virus del sector de arranque. 

Al año siguiente,

la Universidad de Delaware se dio cuenta de que tenía un virus cuando empezaron a ver una extraña y sospechosa 'etiqueta' que aparecía en los disquetes. Y eso es todo lo que este pequeño virus hacía (autoreplicarse y colocar una 'etiqueta'). La alerta la dio una empleada de soporte técnico de la misma Universidad, que advirtió de que estaba encontrando la 'etiqueta' en muchos de los disquetes. 

Este mismo año, Franz Swoboda tuvo noticia de un virus incluido en un programa llamado 'Charlie'. Por ello, le llamó el 'Virus Charlie'. Hubo mucho revuelo en la opinión pública acerca de este virus, al difundirse las dos versiones de una misma historia: Burger afirmó que había obtenido una copia del virus de manos de Swoboda, pero Swoboda lo negó siempre. En cualquier caso, Burger se hizo con esa copia que envió a Bernt Fix, el cual 'desarmó' el virus, y Burger incluyó en su libro la demostración del análisis, después de añadirle varios parches para variar su comportamiento. El comportamiento normal de 'Vienna' (o 'Charlie', como lo llamaba Swoboda) era colocar un archivo entre otros ocho para reiniciar el PC (el virus 'parchea' los primeros cinco bytes de código); Burger (o quizá Fix) reemplazaron este código con cinco espacios. El El efecto fue que los archivos 'parcheados' colgaban el PC, en vez de reiniciarlo. No era una mejora muy satisfactoria.

Mientras tanto, en los Estados Unidos Fred Cohen acababa de completar su tesis doctoral, que versaba precisamente sobre los virus informáticos. El doctor Cohen demostró que uno no puede escribir un programa que sea capaz de, con un cien por cien de aciertos, visualizar un archivo y decidir si es o no un virus. Desde luego, nadie pensó jamás en esa posibilidad, pero Cohen hizo buen uso de un teorema matemático, y así fue como se ganó el doctorado. Sus experimentos sobre la difusión de virus en los sistemas informáticos demostraron que la expansión de las infecciones resultaba ser mucho más rápida de lo que nadie hubiera esperado.

En 1987, 

Cohen visitó la Universidad Lehigh, y allí se encontró con Ken van Wyk. De este encuentro surgió el virus 'Lehigh', que nunca abandonó el laboratorio, porque sólo podía infectar COMMAND.COM y dañar increíblemente su host después de tan sólo cuatro replicaciones. Una de las reglas básicas sobre los virus es que aquel de ellos que dañe de forma muy rápida su host, no sobrevive durante mucho tiempo. De todas formas, el virus Lehigh se hizo muy popular, y fomentó la aparición del grupo de noticias sobre virus de Ken van Wyk en Usenet.